Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 4

Próbka donosowa pobrana od córki pacjenta, u której wystąpiły objawy zakażenia górnych dróg oddechowych, była ujemna w przypadku RNA wirusa grypy MERS-CoV i H1N1. Komórki Vero, które zostały zaszczepione pierwszymi próbkami pobranymi od pacjenta i od Camel B wykazały efekt cytopatyczny w postaci oderwania komórek 3 dni po inokulacji. Supernatanty z hodowli zebrane 3 dni po inokulacji obiema próbkami były pozytywne w czasie rzeczywistym RT-PCR dla regionów upE, ORF1a i ORF1b. (Tabela pokazuje wyniki dla regionu upE.)
Aby dodatkowo potwierdzić te wyniki i wykluczyć możliwość kontaminacji krzyżowej pomiędzy hodowlami dla pacjenta i Camel B, próbki RNA, które zostały wyekstrahowane z oryginalnych wymazów z nosa otrzymanych od pacjenta i od Camel B poddano częściowemu sekwencjonowaniu genomu Fragmenty o długości 242 bp (nukleotydy od 15049 do 15290) i 312 bp (nukleotydy 29549 do 29860) odpowiednio w regionach RdRp i N wirusowego genomu. Obecność sekwencji swoistych dla MERS-CoV w tych próbkach została potwierdzona. Wyrównanie tych dwóch fragmentów z dwóch próbek potwierdziło, że są one identyczne.
Pełne sekwencjonowanie genomu izolatów hodowlanych uzyskanych od pacjenta i od Camel B wykazało, że dwie próbki były w 100% identyczne. Wyrównanie sekwencji uzyskanych w tym badaniu z innymi opisanymi w GenBank wykazało unikalne mutacje w 14 pozycjach nukleotydowych (Tabela Częściowe sekwencjonowanie genomu regionów zawierających te mutacje z oryginalnych próbek uzyskanych od pacjenta i od Camel B wykazało takie same mutacje, z wyjątkiem substytucji T-to-C w pozycji 10154 i transwersji T-to-G w pozycji 25800 (Fig. Oprócz tych różnic, istniała całkowita zgodność pomiędzy dwoma zestawami częściowych sekwencji uzyskanych bezpośrednio z oryginalnych próbek i tych uzyskanych z hodowli.
Figura 2. Figura 2. Analiza filogenetyczna pełnego kodującego białka kodującego białko i pełnego genomu w próbkach ludzkich i wielbłądowatych. Pokazane są drzewa filogenetyczne, które skonstruowano dla genu kodującego pełne białko wypustek (nukleotydy 21450 do 25511) (panel A) i pełny genom (panel B). Drzewa zostały wygenerowane z dopasowania nukleotydów sekwencji z izolatów kulturowych uzyskanych zarówno od pacjenta, jak i Camel B oraz sekwencji koronawirusa (MERS) Bliskiego Wschodu dostępnych w bazie danych GenBank. Sekwencje próbek otrzymanych od pacjenta i Camel B są oznaczone czerwonymi kwadratami. Skrót cg oznacza kompletną sekwencję genomu, a pg oznacza częściową sekwencję genomu.
Analiza filogenetyczna genu kodującego pełne białko wypustek (nukleotydy od 21450 do 25511) i całego genomu wskazała, że izolaty MERS-CoV uzyskane od pacjenta i odmiany Camel B były blisko spokrewnione z izolatem Rijad 3/2013 (KF600613.1) izolat koronawirusa MERS (znany jako izolat z Monachium / Abu Zabi) (KF192507.1), izolat wirusa betakoronawirusa (KC164505.2) oraz ludzki izolat betakoronawirusa 2c Anglia-Katar / 2012 (KC667074.1), z izolatem 99,8% podobieństwa w macierzy identyczności sekwencji (rysunek 2)
[więcej w: endometrioza operacja, endometrioza stopnie, endometrioza leczenie ]

Powiązane tematy z artykułem: endometrioza leczenie endometrioza operacja endometrioza stopnie