Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 5

Podobną topologię zaobserwowano również w przypadku innych genów wirusów uzyskanych w tym badaniu. Próbka surowicy pobrana od pacjenta w dniu była ujemna dla przeciwciał MERS-CoV (<1:10) w teście immunofluorescencyjnym, podczas gdy próbka pobrana w dniu 14 wykazała czterokrotność miana przeciwciał (1: 1280) (Tabela i Rys. Sparowane próbki surowicy zebrane z Camel B również wykazały wzrost miana przeciwciał o czynnik większy niż 4, co również miało miejsce w przypadku czterech innych wielbłądów (wielbłądy E, F, H i I) (tabela 1). Pozostałe cztery wielbłądy (wielbłądy A, C, D i G) miały wysokie miana przeciwciał w obu próbkach (tabela 1). W próbkach surowicy pobranych od trzech przyjaciół pacjenta nie wykryto przeciwciał MERS-CoV.
Dyskusja
Cechy epidemiologiczne zakażeń MERS-CoV sugerują transmisję zoonotyczną ze zbiornika zwierzęcego na człowieka, być może za pośrednictwem pośredniego gospodarza zwierzęcego.4,6-9 Ograniczone wtórne przenoszenie z człowieka na człowieka zostało również potwierdzone zarówno w opiece zdrowotnej, jak i w warunkach domowych. 6,7,10 Analiza krótkich sekwencji genomowych wskazuje, że MERS-CoV może mieć przodka u nietoperzy. Continue reading „Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 5”

Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 4

Próbka donosowa pobrana od córki pacjenta, u której wystąpiły objawy zakażenia górnych dróg oddechowych, była ujemna w przypadku RNA wirusa grypy MERS-CoV i H1N1. Komórki Vero, które zostały zaszczepione pierwszymi próbkami pobranymi od pacjenta i od Camel B wykazały efekt cytopatyczny w postaci oderwania komórek 3 dni po inokulacji. Supernatanty z hodowli zebrane 3 dni po inokulacji obiema próbkami były pozytywne w czasie rzeczywistym RT-PCR dla regionów upE, ORF1a i ORF1b. (Tabela pokazuje wyniki dla regionu upE.)
Aby dodatkowo potwierdzić te wyniki i wykluczyć możliwość kontaminacji krzyżowej pomiędzy hodowlami dla pacjenta i Camel B, próbki RNA, które zostały wyekstrahowane z oryginalnych wymazów z nosa otrzymanych od pacjenta i od Camel B poddano częściowemu sekwencjonowaniu genomu Fragmenty o długości 242 bp (nukleotydy od 15049 do 15290) i 312 bp (nukleotydy 29549 do 29860) odpowiednio w regionach RdRp i N wirusowego genomu. Obecność sekwencji swoistych dla MERS-CoV w tych próbkach została potwierdzona. Wyrównanie tych dwóch fragmentów z dwóch próbek potwierdziło, że są one identyczne.
Pełne sekwencjonowanie genomu izolatów hodowlanych uzyskanych od pacjenta i od Camel B wykazało, że dwie próbki były w 100% identyczne. Continue reading „Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 4”

Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 3

Wyeluowany RNA przeszukiwano pod kątem regionu MERS-CoV w górę od genu E (regionu w górę) i potwierdzano przez celowanie w otwartym obszarze odczytu ramki ORFla i ORF1b przy użyciu RT-PCR w czasie rzeczywistym, jak opisano wcześniej. Dalsze potwierdzenie było wykonywane przez częściowe sekwencjonowanie zależnej od RNA polimerazy RNA (RdRp) i regionów nukleokapsydu (N) genomu wirusa, zgodnie z zaleceniami Światowej Organizacji Zdrowia.5 Oba testy przeprowadzono na oryginalnych próbkach pobranych od pacjenta i od Camel B. (Szczegóły dotyczące testu RT-PCR i sekwencjonowania znajdują się w Dodatku Uzupełniającym.) Sekwencjonowanie wirusowych genomów
Wirusowy RNA wyekstrahowany z supernatantów hodowli, które zostały zaszczepione próbkami od pacjenta i od Camel B poddano amplifikacji RT-PCR za pomocą termocyklera ABI Veriti (Applied Biosystems) z użyciem par primerów obejmujących całą długość genomu wirusowego . Fragmenty RT-PCR następnie zsekwencjonowano, jak opisano w dodatkowym dodatku. Sekwencje zdeponowano w GenBank i podano numery dostępu (KF958702 MERS-CoV-Jeddah-human-1 dla izolatu pacjenta i KF917527 MERS-CoV-Jeddah-camel-1 dla izolatu wielbłąda). Regiony genomowe zawierające unikalne mutacje również częściowo resekwencjonowano z oryginalnych próbek pobranych od pacjenta i wielbłąda.
Analiza filogenetyczna
Sekwencje dopasowano do wszystkich referencyjnych szczepów MERS-CoV pobranych z GenBank. Continue reading „Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 3”

Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 2

CT oznacza tomografię komputerową. Pięć dni po hospitalizacji pacjenta u 18-letniej córeczki rozwinęły się objawy zakażenia górnych dróg oddechowych i ustąpiły samoistnie w ciągu 3 dni bez żadnych komplikacji. Po przyjęciu stan pacjenta nadal się pogarszał i zmarł w dniu 18 listopada 2013 r. Rysunek pokazuje harmonogram głównych wydarzeń. Szczegółowe informacje dotyczące oceny klinicznej i przebiegu w szpitalu znajdują się w dodatkowym dodatku (dostępnym wraz z pełnym tekstem tego artykułu), w tym w badaniach laboratoryjnych (tabela S1), radiografii klatki piersiowej (ryc. S1) i tomografii komputerowej (ryc. S2) . Continue reading „Dowody na transmisję wirusa Camel-to-Human z koronawirusa MERS AD 2”